Der Kirchenraum beeindruckt durch seine schlichte, klare Architektur: Die Gemeinde ist konsequent auf die Mitte hin, auf den Altar, ausgerichtet. Die künstlerische Gestaltung der Kirche lag in den Händen des Münchner Bildhauers Max Faller und des Malers Karl Köhler aus Gauting. Die formschönen liturgischen Geräte stammen aus der Werkstätte des Silberschmiedes Erhart Hößle (Zell) die farbenprächtigen Paramente schuf Paula Preisinger (München). Die Orgel erbaute der Hamburger Rudolf von Beckerath.
1984 entstand für ca. 5000 Bewohner die "Gartenstadt Johanneskirchen". Für die zahlreichen Kinder in dieser Siedlung baute die Kirchenstiftung St. Thomas 1985 den Kindergarten St. Johannes.
Nach über einjähriger Bauzeit weihte am 28. Juni 1998 der damaligen Pfarrer Wilfried Sußbauer ein neues Eingangsbauwerk in St. Thomas ein. Diese von Architekt Christian Raupach entworfene markante zweigeschossige Glas-Stahl-Konstruktion wurde nach dem sanierungsbedingten Abriss der alten Betonfreitreppe errichtet. Sie dient als Begegnungsort nach der Messe, gleichzeitig ist sie auch ein idealer Ausstellungsraum. Unter anderem stellte hier 2008 die Fotografin Camilla Kraus Fotos zur in der Nähe liegenden ehemaligen Ziegelei "Deck" aus. Im Untergeschoss befindet sich ein Mehrzweckraum, den die vielen Gemeindegruppierungen nutzen. Das Bauwerk wird innen, auch aufgrund seines transparenten Aufbaus von außen sichtbar, von einem monochromen Kunstwerk des Malers Alfons Lachauer dominiert. Über zwei sich an die Innenseite des runden Gebäudes anpassende Holztreppen und einen verglasten Übergang gelangt man in den im ersten Stock des Gemeindezentrums liegenden Kirchenraum.
Nach neunmonatiger Bauzeit wurde am 11. Januar 2004 der renovierte und neu gestaltete Südtrakt des Gemeindezentrums von Pfarrer Gregor Stratmann eingeweiht.
Foto Altarraum St. Thomas © Michael Pallawiks
Fotos Außenansichten St. Thomas hpt © Verein für Stadtteilkultur im Münchner Nordosten e.V. (2008)